广州医科大学于1985年开始招收培养研究生；2001年，经国务院学位委员会批准，广州医科大学成为广东省首个拥有博士学位授予单位的市属高校。学校历年来十分重视研究生教育的培养和管理。1999年，学校成立研究生处；后为适应新形势下研究生教育的发展，进一步提高研究生培养质量，研究生处先后更名为研究生部、研究生学院，并于2014年在学校研究生教育开展30周年之际，研究生学院正式更名为研究生院。

学校具备硕士研究生推免资格，现有的研究生教育涵盖硕士生教育（含同等学力人员申请硕士学位）和博士生教育，拥有目前拥有一级学科博士授权点4个（临床医学、基础医学、公共卫生与预防医学、生物学）；一级学科硕士授权点9个（临床医学、基础医学、公共卫生与预防医学、中西医结合、药学、护理学、公共管理、生物医学工程、生物学）；博士专业学位授权点1个（临床医学）；硕士专业学位授权点6个（临床医学、口腔医学、公共卫生、药学、护理、应用心理）。此外，学校拥有1个国家重点学科、7个省部级重点学科、33个市（厅）级重点学科；临床医学入选国家“双一流”建设学科；8个学科（临床医学、药理学与毒理学、分子生物学与遗传学、生物学与生物化学、免疫学、神经科学与行为学、微生物学、精神病学与心理学）进入ESI排名全球前1%。，这一系列重点学科的建设都有力地推动了学校对研究生的教育和培养。

经过三十多年的发展，学校研究生教育形成了鲜明的办学特色：（1）增强社会服务能力，开展产学研一体化培养模式。学校研究生教育秉承“厚德修身，博学致远”的校训，始终坚持立德树人、理论与实践相结合的培养原则，为社会培养了一批优秀的医学人才。（2）树立以提高质量为核心的教育发展观，大力推进研究生培养机制改革，注重培养凸显责任担当和业务精湛、具有较强创新精神和实践能力、德智体美劳全面发展的社会主义建设者和接班人。近年来，在校研究生发表的高水平论文数量不断提高，并在全国各类竞赛和社会实践活动中屡获佳绩。（3）重视对外学术和教育交流合作。目前，学校与国（境）内外高等院校和研究机构开展合作办学和学术交流活动，每年都选派优秀研究生出国学习和进行科研交流活动。此外，一批国外著名高校专家被学校聘为特聘教授、名誉教授或客座教授，不定期为研究生传道授业，推动了学校研究生教育与国际接轨。