张文亮，博士，教授，博士后合作导师，“南山学者”高层次人才。

Email: zhangwl25@mail3.sysu.edu.cn

个人简介

张文亮，广州医科大学生命科学学院生物技术系教授，博士后合作导师，“南山学者”高层次骨干人才，博士毕业于中山大学，曾被聘为香港大学深圳医院和中国科学院深圳先进技术研究院高性能计算中心博士后助理研究员，长期从事精准医学大数据和医疗人工智能建模等生物信息学研究，以第一/通讯作者（含共同）在Nucleic Acids Research（2篇）、Briefings in Bioinformatics、OncoImmunology、Genomics, Proteomics & Bioinformatics、Journal of Molecular Biology等期刊发表论文11篇。受邀担任Cell子刊iScience和RNA Biology等多本国际SCI学术期刊审稿人。主持国家级和省部级等各级科研项目5项，主持科研经费充足。本课题组常年招收生物信息研究方向的博士后、研究生等职位，欢迎有挑战精神的生信科研爱好者通过邮箱投简历，应聘加盟我们团队。课题组网址：http://www.biomedical-web.com/omicslab/Home.html。

教育经历

2009.09-2013.06 江西农业大学  生物工程  学士

2013.08-2016.06 中山大学  生物化学与分子生物学  硕士

2017.08-2020.06 中山大学  遗传学  博士

工作经历

2016.07-2017.05 深圳华大基因股份有限公司 遗传分析工程师

2020.08-2022.08 香港大学深圳医院 博士后助理研究员

2020.08-2022.08 中国科学院深圳先进技术研究院 博士后助理研究员

2022.09-至今    广州医科大学生命科学学院 生物技术系 教授

教学经历及成果：教授研究生课程《组学技术与应用》等。

研究方向

1. 面向精准医学多组学大数据整合和个性化分析挖掘以及高通量新型药物靶标筛选的新工具平台与系统研发，涉及单细胞组学、基因组学、表观组学、转录组学、蛋白组学、外泌体组学和药物基因组学以及宏基因组学等；

2. 人工智能辅助诊疗人类疾病的新方法和工具系统研发；

3. 利用新一代测序和多组学分析手段，系统绘制恶性肿瘤circRNA和lncRNA转录翻译蛋白图谱。

课题组目前在精准医学多组学大数据整合分析、高通量新型药物靶标筛选以及人工智能辅助疾病诊疗研究等生物信息相关领域取得一系列创新性科研成果，主要包括：

(1) 研发了国际上首个在全转录组水平发现新冠感染等重大疾病潜在药物和治疗靶点的在线数据库平台-COVID19db （Nucleic Acids Research，2022），并建立基于转录组的整合个性化分析挖掘和高通量药物筛选的关键方法体系，相关研究成果被Nucleic Acids Research当期编辑正面强调和国际知名媒体GenomeWeb正面报道；

(2) 研发了国际上首个在线个性化分析挖掘人类疾病相关circRNA转录组的数据库平台系统-circMine（Nucleic Acids Research，2022），并建立了面向人类疾病相关circRNA组学个性化分析挖掘的关键研究方法体系，相关研究被Nucleic Acids Research当期编辑正面强调；

(3) 研发了一个高质量的肿瘤免疫治疗知识库平台系统-CanImmunother，该知识库可用于比较和理解不同癌症免疫疗法和常规疗法各自的临床疗效和不良事件，以帮助临床医生和研究人员快速识别和发现针对特定癌症亚型患者的先进免疫疗法及其各自的生物标志物和靶点，相关研究成果发表在国际癌症免疫治疗知名期刊OncoImmunology（2021）。该知识库平台在Anjali Dhall等人出版的Book Chapter中，正面强调了其对助力精准肿瘤免疫治疗的重要性（DOI:10.1016/bs.apcsb.2021.11.008）；

(4) 研发了一套高效鉴定ncRNA表达失调和突变相关疾病的数据库和工具平台系统（Journal of Molecular Biology, 2021; RNA Biology, 2020; Briefings in Bioinformatics,2019），部分研究成果先后被选为期刊封面或被编辑正面强调。进一步创新性的提出研发人工智能辅助筛查诊断lncRNA和miRNA基因突变相关疾病的新方法工具系统，并获多项国家级和省部级科研基金的资助；

(5) 参与研发了一套在宏基因组水平高效鉴定人类致病性微生物的数据库平台系统-MicroPhenoDB，相关科研成果以共同第1作者发表在国际一流期刊Genomics, Proteomics & Bioinformatics (2020)，目前已被Nucleic Acids Research和Briefings in Bioinformatics等生物信息领域权威期刊正面引用10余次。

荣誉奖励

1. 2022年广州医科大学高水平大学建设“南山学者”骨干人才；

2. 2021年第十届全国生物信息学与系统生物学学术大会优秀墙报一等奖；

3. 中山大学2018-2019学年度博士研究生国家奖学金；

4. 中山大学2017-2018学年度优秀研究生奖学金。

主持项目

1. 广州医科大学高水平大学建设南山学者骨干人才启动经费，2022.09-2027.09，主持，在研；

2. 国家自然科学基金（青年项目）：人工智能辅助筛查鉴定长非编码 RNA 基因致病性突变新方法工具研究；2022.01-2024.12，主持，在研；

3. 广东省基础与应用基础研究基金：智能筛查鉴定致病性 MicroRNAs 基因突变新方法工具研究；2020.09-2023.09，主持，在研；

4. 中国博士后科学基金：人工智能辅助筛查诊断 microRNA 基因突变相关疾病的新方法工具研究；2021.06-2022.05，主持，已顺利结题；

5. 香港大学深圳医院博士启动基金：Group3/4髓母细胞瘤生物多组学特性研究和潜在特异性治疗靶点鉴定；2020.10-2022.07，主持，已顺利结题。

发表文章（部分）

1. Likang Zhang#, Jiahui Sun#, Sheng Liu, Wenliang Zhang*, and Jianlong Zou*. (2023). 3D culture of the spinal cord with roots as an ex vivo model for comparative studies of motor and sensory nerve regeneration, Experimental Neurology, 362:114322.（共同通讯作者，IF=5.62，中科院二区）

2. Wenliang Zhang#*, Yan Zhang#, Zhuochao Min#, Guodong Liang, Jing Mo, Zhen Ju, Binghui Zeng, Wen Guan, Yan Zhang, Jianliang Chen, Qianshen Zhang, Hanguang Li, Chunxia Zeng,Yanjie Wei*, and Godfrey Chi-Fung Chan*. (2022). COVID19db: a comprehensive database platform to discover potential drugs and targets of COVID-19 at whole transcriptomic scale, Nucleic Acids Research, 50(D1),D747-D757（第一作者和通讯作者，IF=19.16，中科院一区TOP，Highlighted by The Editor and The GenomeWeb media）

3. Wenliang Zhang#*, Yang Liu#, Zhuochao Min#, Jing Mo, Zhen Ju, Wen Guan, Binghui Zeng, Yang Liu, Jianliang Chen, Qianshen Zhang, Hanguang Li, Chunxia Zeng, Yanjie Wei*, and Godfrey Chi-Fung Chan*. (2022). circMine: a comprehensive database to integrate, analyze and visualize human disease related circRNA transcriptome, Nucleic Acids Research, 50(D1),D83-D92（第一作者和通讯作者，IF=19.16，中科院一区TOP，Highlighted by The Editor）

4. Wenliang Zhang, Haiyue Zhang, Huan Yang, Miaoxin Li, Zhi Xie and Weizhong Li*. (2019). Computational resources associating diseases with genotypes, phenotypes and exposures, Briefings in Bioinformatics,20(6),2098-2115（第一作者，IF=13.9，中科院一区TOP）

5. Wenliang Zhang#*,Binghui Zeng#, Huancai Lin,Wen Guan,Jing Mo,Yanjie Wei,Qianshen Zhang,Dongsheng Yu*, Weizhong Li*&Godfrey Chi-FungChan*. (2021).CanImmunother:a manually curated database for identification of cancer immunotherapies associating with biomarkers,targets, and clinical effects, OncoImmunology,10(1),1944553（第一作者和通讯作者，IF=8.1，中科院二区）

6. Wenliang Zhang#, Binghui Zeng#, Minglei Yang, Huan Yang, Jianbo Wang, Yongjie Deng, Guocai Yao, Song Wu, Haiyue Zhang and Weizhong Li *. (2021). ncRNAVar: a manually curated database for identification and validation of noncoding RNA variants associated with human diseases, Journal of Molecular Biology, 433(11):166727. （第一作者 IF=6.15，中科院二区TOP，Highlighted by The Editor）

7. Guocai Yao#, Wenliang Zhang#, Minglei Yang, Huan Yang, Jianbo Wang, Haiyue Zhang, Lai Wei, Zhi Xie and Weizhong Li*. (2020). MicroPhenoDB associates etagenomic data with pathogenic microbes, microbial core genes and human disease phenotypes, Genomics, Proteomics & Bioinformatics,18(6),760-772（共同第1作者，IF=7.6，中科院一区TOP）

8. Wenliang Zhang, Guocai Yao, Jianbo Wang, Minglei Yang, Jing Wang, Haiyue Zhang, Weizhong Li*. (2020). ncRPheno: a comprehensive database platform for identification and validation of disease related noncoding RNAs, RNA Biology, 17:7, 943-955（第一作者，IF=5.35，中科院二区，Cover Story)

9. Wenliang Zhang#, Shaoyang Zhang#, Wen Guan#, Zhicong Huang, Jianqiu Kong, Chunlong Huang, Shulan Yang*, Haihe Wang*. (2020). Poly C binding protein 1 regulates p62/SQSTM1 mRNA stability and autophagic degradation to repress tumor progression, Frontiers in Genetics, 14;11:930.（第一作者，IF=4.8，中科院三区)

10. Wenliang Zhang#, Shi Hongshun#, Zhang Mingming, Liu Bin, Mao Shuai, Li Li, Tong Fang, Liu Guoliang, Yang Shulan, and Wang Haihe*. (2016). Poly C binding protein 1 represses autophagy through downregulation of LC3B to promote tumor cell apoptosis in starvation, International Journal of Biochemistry and Cell Biology, 73:127-136.（第一作者，IF=5.6，中科院二区)

11. Wenliang Zhang, Mingming Zhang, Bin Liu, Hongshun Shi, Haihe Wang*. (2016).Optimal timing of autophagy occurrence induced by earle's balanced salts solution in DLD-1, HCT-116, A2780, CHO, Hep G2 and SMMC7721 cancer cell lines. 中山大学学报 (自然科学版), 55(4).（第一作者(英文文章)）

12. Hongshun Shi#, Hui Li#, Ronghua Yuan#, Wen Guan, Xiaomei Zhang, Shaoyang Zhang, Wenliang Zhang, Fang Tong, Li Li, Zhihong Song, Changwei Wang, Shulan Yang* & Haihe Wang*. (2018). PCBP1 depletion promotes tumorigenesis through attenuation of p27Kip1 mRNA stability and translation. Journal of Experimental & Clinical Cancer Research, 37(1): 1-18.（IF=12.65，中科院一区TOP）

13. Minglei Yang, Wenliang Zhang, Guocai Yao, Haiyue Zhang, Weizhong Li*. Combined alignments of sequences and domains characterize unknown proteins with remotely related protein search PSISearch2D, Database (Oxford).2019 Jan 1;2019:baz092. （第二作者，IF=4.46，中科院二区）

14. Binghui Zeng, Ye Li, Fangfang Jiang, Changbo Wei, Guanhui Chen, Wenliang Zhang, Wei Zhao, Dongsheng Yu*. LncRNA GAS5 suppresses proliferation, migration, invasion, and epithelial-mesenchymal transition in oral squamous cell carcinoma by regulating the miR-21/PTEN axis, Experimental Cell Research, 2019 Jan 15;374(2):365-373.（IF=4.1，中科院三区）

社会任职/学术任职

1. 亚太人工智能协会成员；

2. 中国人工智能会员；

3. 受邀担任iScience、RNA Biology、 BBA-Molecular Basis of Disease、Frontiers in Pharmacology、Frontiers in Oncology等国际SCI专业期刊审稿人。

受邀参加的学术会议

1. 2021.10, 于成都参加第十届全国生物信息学与系统生物学学术大会, 并做研究成果壁报展示；

2. 2018.04, 于上海参加第 11 届国际审编大会(2018 Biocuration), 并做研究成果壁报展示；

3. 2018.10, 于澳门参加第八届全国生物信息学与系统生物学学术大会, 并做研究成果口头汇报；

4. 2017.10, 于长沙参加第二届中国计算机学会生物信息学会议, 并做研究成果壁报展示。